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中国科学院深圳先进技术研究院百人计划Z类候选人备案表_图文


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中国科学院深圳先进技术研究院“百人计划”Z 类候选人备案表

单位联系人:丁鹏 联系电话:7;电子邮件:peng.

候选人姓名 周丰丰 性别 男

出生日期

联系电话

电子邮件

1977 年 1 月 年龄 36

到位工作时间

2012 年 6 月

执行年限

2014 年 1 月-2015 年 12 月

获博士学位单位

中 文
英 文

中国科学技术大学

中文 计算机



University of Science and Technology of China



英文

Computer Science

国别 时间

中国 2005 年

中 文

美国佐治亚大学

招聘前工作单位

英 University of Georgia,



USA

招聘前 岗位

助理研究科 中文 学家(相当于
助理教授)

英文

Assistant Research

Scientist

招聘岗位

研究员

招聘学科

健康信息学

所属专业局

学习与工作经历(从本科填起)

起止时间

学习或工作单位

职务

1996 年 9 月 -2000 年 7 月

中国科学技术大学,少年班系

本科,学士学位,计算机专业

2000 年 9 月 -2005 年 7 月

中国科学技术大学,计算机系

硕博连读,博士学位,计算机 专业

2005 年 9 月 美国佐治亚大学,生物化学与分子生物学

-2008 年 12 月

系,生物信息研究所

博士后,生物信息

2008 年 12 月 美国佐治亚大学,生物化学与分子生物学 研究组长,生物能源计算生物

-2011 年 8 月

系,生物信息研究所

学研究组

2009 年 1 月 -2012 年 5 月

美国佐治亚大学,生物化学与分子生物学 系,生物信息研究所

助理研究科学家,生物信息

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主要学术成就(列举 1-3 篇代表性文章,可扩展):
2013 年入选深圳市海外人才孔雀计划 B 类人才。已发表学术论文 31 篇,其中包括 SCI 索引 28 篇, 主要作者论文(通信或者第一作者)21 篇。影响因子合计为 104.044 分。学术成果多次在包括 Nature Protocols(IF: 9.924,1 篇)、Nucleic Acids Research(IF: 8.026, 3 篇)、Bioinformatics(IF: 5.468,3 篇)、BMC Genomics(IF: 4.073, 2 篇)、PLoS ONE(IF: 4.092,2 篇)和 Genetics(IF: 4.007,1 篇) 等高水平 SCI 索引学术期刊上发表。相关成果曾获国际疾病预测竞赛 2012 年第三名(共 55 个学术团队 参加)和 2013 年第四名(共 28 个团队参加)。应邀担任新杂志 Frontiers in Bioinformatics and Computational Biology 的副主编(associate editor,大陆唯一),Interdisciplinary Sciences: Computational Life Sciences(SCI 索引,新索引杂志,影响因子正在计算中) 副主编,Computers in Biology and Medicine (SCI 索引,影响 因子 1.089)的编委,以及 BioEnergy Research(SCI 索引,影响因子 3.562)的唯一生物信息学编委,并多 次应邀评审国际和国内项目标书、国际学术期刊和会议的投稿论文。担任国际系统生物学大会(ICCSB 2013,第 5 届 International Conference on Computational and Systems Biology)主席。
主要成果包括: 1. 研究了大规模异构健康数据融合建模算法、及其在复杂疾病早期预警和辅助诊疗方面的应用。已发
表论文 2 篇,并获得一次国际疾病预警建模竞赛第三名(共 55 个国际团队参加)和 2013 年第四名 (共 28 个团队参加)。 2. 研究了大规模测序产生的基因组和转录组数据映射到参考基因组的高效算法,以及基因组结构变异 和可变剪切的搜索算法。发表论文 2 篇 3. 首次提出一种基因组图形化表达技术,条形码技术。该技术能非常直观地显示出,一个基因组的不 同区间保持了各自基本一致的脱氧核糖核酸的组成。该工作在 BMC Bioinformatics 于 2008 年底发 表不久就被突出标注为“高访问量文献”,并被多家生物网站首页推荐。该技术已经成功应用于多 个项目。发表论文 3 篇 4. 系统研究了真核生物和原核生物基因组中的转座原件,并首次提出了考察这些转座原件近期活动的 大规模计算模型以及对整个基因组的转录调控网络的贡献。发表论文 7 篇 5. 设计了一种新颖的基于图论的组合算法,基于聚类的蛋白质翻译后修饰位点的评价策略,来预测一 个蛋白质序列上的翻译后修饰位点。并进一步研究了蛋白质翻译后修饰对微生物生物质降解系统的 降解效率和热稳定性的影响。两篇有关如何设计与使用这类计算机算法的文章发表在 Nature Protocols 上。发表论文 9 篇 6. 首次提出了基于全光网络中新设备加载/下载复用器的数据包最优化路由模型,并研究了全光有向树 网络上最小化加载/下载复用器问题。同时研究了单跳多通道无线网络中无等待任务调度问题的近似 算法。发表论文 3 篇 三篇代表作: * 表示共同第一作者。 1. Fengfeng Zhou*, Yu Xue*, Xuebiao Yao, Ying Xu, "CSS-Palm: Palmitoylation Site Prediction with a Clustering and Scoring Strategy (CSS)", Bioinformatics 2006 22(7):894-896. (SCI 索引,影响因子:5.323 ,Google Scholar 引用数:66) 2. Fengfeng Zhou*, Yu Xue*, Xuebiao Yao, Ying Xu, "A general user interface for prediction servers of proteins'; post-translational modification sites ", Nature Protocols 2006 1(3):1318-1321. (SCI 索引,影响 因子:7.960,引用数:18) 3. Yu Xue*, Fengfeng Zhou*, Minjie Zhu, Kashif Ahmed, Guoliang Chen, Xuebiao Yao, "GPS: A comprehensive www server for phosphorylation sites prediction", Nucleic Acids Research 2005 33: W184-W187. (SCI 索引,影响因子:8.278,引用数:128)
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拟开展的工作(可扩展):
我计划研究基于高通量测序数据和医学影像等异构临床数据源,研究针对复杂疾病(包括心脑血管 疾病和癌症)的异构数据源融合算法及其高效并行化算法。通过结合本单位取得的多种复杂疾病靶标检 测技术,研究国家卫生信息化急需的复杂疾病早期预警和辅助诊疗建模技术。该项目将紧密结合高性能 计算技术和分子生物学技术,在系统生物学层次上来研究,一个健康哺乳动物个体化生命数据是如何通 过单核苷酸多态性和基因组结构性变异等多种变化,发展为复杂疾病;以及包括基因表达谱和医学影像 等多种生物医学表型与疾病表型之间的网络模块关联性建模。这个问题可以分为两个可以独立完成、又 紧密相关的研究课题。
高通量健康数据的并行化高效处理 随着高通量健康数据产生技术的发明和不断革新,目前一台基因组测序设备可以在一个星期内产生
400 Gb 的脱氧核糖核酸(DNA)或者核糖核酸(RNA)序列数据;而一个包括 100 个人的医学影像实 验也可以产生数百 Gb 的医学影像数据。这样的数据规模已经远远超出一个生物医学实验室、甚至一个 小型计算实验室的处理能力。可以预见,计算机学家将在基于高通量试验数据的当代生物学研究中起到 至关重要的作用。我将依托本单位超算中心的超大规模计算集群环境,研究上述以及更大规模数据集的 并行化高效分析算法,并开发多个适合生物学家使用的并行化数据分析平台。该研究课题的目标是,通 过与我的博士导师陈国良院士(目前在深圳大学工作)、以及本单位并行计算科学家积极合作,建立一 个深圳市主要的交叉学科健康信息学实验室,并培养多科学交叉型博士研究人才。
由于生物信息学本身的特征,SCI 索引的学术论文审稿周期相对较短(1 个月),单篇文章的引用 次数也较多。我于 2004 和 2005 年在中国科大高性能计算中心读博士期间,与本中心的硕士生宋彬以及 生命学院的博士生薛宇合作发表了 4 篇 SCI 索引的生物信息学论文。其中,我作为第一作者的论文 "CSS-PALM: PALMITOYLATION SITE PREDICTION WITH A CLUSTERING AND SCORING STRATEGY (CSS)”在中国科学技术大学计算机学科首次进入全球排名引用前 1%中,其贡献为首位论文 (33 次引用)。另外两篇我作为第一作者和共第一作者的论文 SCI 引用数也分别达到了 57 和 43 次, 而这两篇论文被遗漏在这次计算机系排名计算之外。如果下一次排名计算了这两篇论文,中国科大计算 机学院的排名可能会更高。与生命学院博士生薛宇的合作中,我的主要贡献是设计了多个高速有效的图 论算法,并系统地分析了这些算法在生物问题中的性能。
我在美国佐治亚大学 5 年科研工作中,平均每年发表 4 篇 SCI 索引论文,并且多数论文在发表两年 内得到大量引用。预计我们这个实验室将较快地发表高引用数的 SCI 索引的学术论文。期望通过我们的 共同努力从而提高本单位计算学科的交叉学科研究国际知名度。
人类复杂疾病的早期诊断靶标搜寻 通过投入大量的人力和物力,生物学家目前对心脑血管疾病和癌症机理研究已经有了较大的突破。
大量的单核苷酸多态性和基因组结构性变异在复杂疾病基因组中被发现,并且相当一部分变异都是某种 复杂疾病所特有的。这些复杂疾病特有的基因组变异将是很好的疾病诊断靶标。进一步研究表明,人类 复杂疾病的致病因素还包括生活习惯和环境质量等后天诱因,这些信息可以通过临床影像和电子病历等 渠道采集。绝大部分成果主要考察单个致病因素与疾病表型之间的统计相关程度,已表现出无法进行个 体化预警建模等较大局限性,且通常只能找到罕见疾病特征(即出现在小于 5%病人人群)。
我们实验室将利用上述分析平台以及其他计算分析技术,依托于本单位在高性能计算、数据挖掘、
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生物医学和生物工程等领域的强大科研力量,并积极寻求与生物交叉学科感兴趣的教授合作,在系统生 物学层次上来分析某类复杂疾病特有的遗传特征和临床检测特征,并研究人类复杂疾病的异构数据源融 合技术和早期预警建模技术。目前计划研究以下课题,预计在研究过程中还将发掘出大量有待进一步考 察的相关计算模型和生物假说。
? 搜寻人类复杂疾病的组学变异特征,并对变异所影响的基因进行功能性试验分析; ? 基于蛋白质-核苷酸三维结构的计算模型,在疾病基因组中考察转录调控因子的结合位点受上述
组学变异的影响,并进一步考察整个转录调控网络的变化; ? 考察人类复杂疾病的异构数据特征组合预警性能,及其组合生物机理。
通过使用部分百人计划经费,与生物学家合作对其在研的生物样本测序,并对该第一手数据进行计 算分析以及试验验证。同时寻求与深圳市以及临近地区的临床科研单位合作,结合临床健康数据,考察 将部分高可靠性的试验结果应用于这些复杂疾病临床早期诊断的可能性。这一方面的课题预期将有较高 水平的学术论文产出。该课题的目标是,依托本单位的科研实力和计算资源,通过与本单位生物医学研 究组以及临床科研单位的紧密合作,将拟建立的交叉学科健康信息学实验室定位为一个计算、系统与转 化生物学实验室。同时保持实验室科研人员和学生的背景多样性,欢迎计算、生物和医学等专业的人才 加盟或者合作。
总的来说,实验室计划邀请我的博士导师、并行计算专家陈国良院士担任实验室的学术顾问。根据 已有的合作经历以及研究背景,本单位医工所、数字所和医药所会有多位 PI 有兴趣合作研究相关课题。 我还与临床实验学家进行了广泛的人类复杂疾病方面的科研合作,其中包括深圳大学并行计算领域的陈 国良院士、深圳大学生命学院院长倪嘉缵院士、吉林大学白求恩医学部基础医学院院长李凡教授、湖南 湘雅医院心内科的马琦琳教授等。实验室同时欢迎不同学科感兴趣的教授、学者参与实验室建设和科研 合作

本人已按照备案表的到位时间工作,并承诺全时全职在岗工作。

候选人签名: 年月日

聘用单位提供的条件 科研启动经费

200 万元

办公和实验用房

配备人员

固定人员: 3 名

研究生: 5 名

住房补助

80 M2 住房或 100 万元 其他条件

150 平方米 博士后: 2 名


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用人单位评审专家组意见:
候选人分别在计算机算法理论和健康信息学两个领域具有长期研究经历,学术成果较多,并已在本 交叉学科领域获得广泛认同。同时还具有长期学术团队领导和组织、以及研究生培养经历。预计其获得 “百人计划”支持后,可以回国建立一个交叉学科型研究团队,并完成其拟研究的学术目标。

经专家组讨论,建议批准候选人的“百人计划”备案。

聘用单位意见:

专家组组长签字 年月日

根据专家组推荐意见、以及本单位面试情况,同意对候选者进行“百人计划”备案工作。

法人代表签字: 聘用单位(公章)
年月日
院意见

专业局意见:

人才工作领导小组办公室意见:

年月日

年月日

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